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Korea@Home | Application to VS

Korea@Home : PC 그리드 컴퓨팅

PC기반 그리드 컴퓨팅은 유휴중인 일반 데스크톱 PC들을 묶어 큰 클러스터 컴퓨터나 슈퍼 컴퓨터보다도 큰 컴퓨팅 자원을 생성하는 것을 기본 개념으로 하고 있다.

PC는 전보다도 상당히 강력해 지고 있다. 하지만 Gartner그룹에 의하면 오늘날 95%의 PC 자원이 낭비되고 있다고 보고되어지고 있다. 분산컴퓨팅 기술은 이런 비 사용중인 CPU 자원을 결집해 PC 그리드라고 하는 새로운 컴퓨팅 자원을 만드는 것을 가능하게 해주고 있다. 상당히 큰 계산이나 아니면 데이터 양이 많아 슈퍼컴퓨터에서도 몇달이상 계산이 걸리는 것들도 이 PC 그리드를 이용하면 하루 시간 또는 일 단위로 계산을 끝낼 수 있다는 말이다..

Virtual Screening에 응용

Fig 1. Korea@HOME 조감도

Korea@HOME 프로젝트는 신약 후보물질 탐색을 PC 그리드 기반 분산 컴퓨팅환경에서 수행하고자 한다.

기존에 분자 도킹은 구매 가능하거나 합성이 가능한 화합물 라이브러리 중에서 적은 양의 선도 물질을 찾아내는 것을 가능하게 하였다. 하지만 이런 분자 데이터베이스가 방대해지면서 단순한 분자 도킹실험을 통해서 많은 양의 화합물을 가상적으로 걸러낼 수 없었다. 이런 작업을 가능하게 하기 위해 PC 그리드 기반 분산 컴퓨팅 환경이 적용되어 졌다. Korea@HOME은 2002년 2월에 처음 시작되었으며 1년후에 1200개의 PC가 사용되어 약 31기가 플롭에 해당한 컴퓨팅 자원을 갖게 되었다. 이것은 수백만개의 화합물은 단 하루에 스크리닝하는 것이 가능해진다는 말이다. 이 스크리닝 프로그램은 BMD에서 개발되었으며 현재 알고리즘과 결합 세기 함수의 최적화가 진행중에 있다.

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